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注册公司开票和不开票的区别主要体现在以下几个方面。
1、税务处理：如果公司注册后进行开票，即开展业务并产生收入，那么需要按照税法规定进行申报、缴纳相应的税款，不开票则意味着没有产生实际的业务收入，或者产生的收入未达起征点，在税务申报时会有所不同，但即使不开票，只要产生了应税业务，都需要按规定报税，否则，一旦被税务部门查出，会面临相应的处罚。
2、现金流动与营收体现：开票表示公司有正式的营收，现金流动增加，而不开票可能表示公司某些业务为私下交易，无法在账目上体现实际营收，这对于公司的财务状况和信用评估有很大影响。
3、管理与风险控制：开票的业务操作通常更加规范，有利于公司的风险控制和管理，不开票的业务可能存在较大的不确定性，不利于公司的长期稳定发展。
4、法规遵从与信誉度：开票意味着公司遵循商业法规，有利于维护公司信誉和品牌形象，对于合作伙伴和客户来说，选择一家合规、信誉良好的公司进行合作更加可靠，而不开票可能导致公司面临合规风险，影响公司的信誉和长期发展。
注册公司后开票和不开票在税务、财务、风险控制和信誉等方面都有明显的区别，建议公司在开展业务时，根据实际需求选择是否开票，并确保合规操作，以维护公司的长期利益和信誉。